Ngày 21 tháng 07 năm 2025, Cục Hải quan đã có văn bản trả lời công văn số 2227/HQTPHCM-TXNK ngày 05 tháng 08 năm 2024, số 3339/HQTPHCM-TXNK ngày 27 tháng 11 năm 2024 của Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh (nay là Chi cục Hải quan Khu vực II) về việc xử lý tiền thuế GTGT nộp thừa.
Trong văn bản, Cục Hải quan đã chỉ ra các điều luật làm căn cứ để xử lý vấn đề này:
a) Điều 60 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 quy định:
"1. Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phải phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo hoặc được hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.
Trường hợp người nộp thuế đề nghị bù trừ tiền thuế, tiền chậm nộp. tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ thì không tính tiền chậm nộp tương ứng với khoản tiền bù trừ trong khoảng thời gian từ ngày phát sinh khoản nộp thừa đến ngày cơ quan quản lý thuế thực hiện bù trừ.
2. Trường hợp người nộp thuế yêu cầu hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thì cơ quan quản lý thuế phải ra quyết định hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa hoặc có văn bản trả lời nêu rõ lý do không hoản trả trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản yêu cầu'".
b) Khoản 3 Điều 131 Thông tư soos38/2015/TT-BTC ngày 25 tháng 03 năm 2015 được sửa đổi, bổ sung tại khoản 64 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20 tháng 04 năm 2018 của Bộ Tài chính quy định:
" Cơ quan hải quan nơi phát sinh khoản tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thực hiện kiểm tra thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử, nếu xác định kê khai của người nộp thuế là chính xác thì phản hồi thông tin về việc hồ sơ kê khai đã được chấp nhận cho người nộp thuế. Trường hợp xác định kê khai của người nộp thuế chưa chính xác, cơ quan hải quan phản hồi thông tin từ chối tiếp nhận hồ sơ thông qua Hệ thông xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
... Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày nhận được công văn hợp lệ của người nộp thuế đề nghị hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 09/QĐHT/TXNK Phụ lục VI và thông báo cho người nộp thuế. Trường hợp không đủ điều kiện hoàn thuế thực hiện thông báo theo mẫu số 12/TBKTT/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm Thông tư này".
c) Khoản 4 Điều 132 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 65 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC quy định:
"Đối với tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn theo quy định tại khoản 2 Điều này, người nộp thuế có trách nhiệm kê khai với cơ quan thuế nơi quản lý doanh nghiệp về số tiền thuế giá trị gia tăng đã nộp theo quy định của pháp luật.
Sau khi ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan hải quan cung cấp thông tin cho cơ quan thuế".
Căn cứ các quy định này, "Cơ quan Hải quan nơi ban hành quyết định xử lý tiền thuế GTGT nộp thừa khâu nhập khẩu gửi Quyết định hoàn thuế, phối hợp với Kho bạc Nhà nước để gửi Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước có xác nhận đã hoàn trả khoản thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp thừa cho cơ quan thuế quản lý người nộp thuế để theo dõi, đôn đốc người nộp thuế trong việc kê khai điều chỉnh và thực hiện nghĩa vụ thuế (nếu có) theo quy định của pháp luật về thuế.
Cơ quan hải quan nơi ban hành quyết định hoàn thuế nộp thừa thông báo để người nộp thuế thực hiện kê khai điều chỉnh số tiền thuế GTGT đã được xử lý nộp thừa với cơ quan thuế quản lý".
Gọi ngay để chúng tôi hỗ trợ bạn!
Hotline: 0966 002 638
Email: ketoandaiduong668@gmail.com
Website: https://ketoandaiduong.com/
Kế Toán Đại Dương - Đồng hành cùng bạn trong mọi vấn đề về thuế!
